Susunan Organisasi di MTs Ma’arif NU 4 Kemranjen dibagi menjadi sebagai berikut:
- Komite Madrasah : K. Muksin
- Kepala Madrasah : Muhamad Fatoni, S.H.I
- Waka Kurikulum : Roniyah, S.Pd.I
- Waka Kesiswaan : MH. Usman Riyadi, S.Pd.I
- Ka. Ur. Tata Usaha : Mukhakamah,S.Sos